Het verhaal dat opnieuw wordt verteld in Kiwami is de bloeiende karakter arc van Yakuza – het spel begint met de opsluiting van Kazuma Kiryu, de protagonist van de reeks, voor de moord op zijn grootvader (die hij niet heeft gepleegd).
En om het erger te maken wordt tijdens zijn 10 jaar gevangenschap niet alleen Kiryu’s clan uit de Yakuza verdreven, maar verdwijnt er ook ¥10 miljard (~$100 miljoen) uit de schatkist van de clan.
Nog erger, Kiryu’s jeugdliefde is nergens te bekennen en met de jacht op het vermiste geld door de hele Japanse onderwereld, is Kiryu alles behalve verloren totdat hij het weesmeisje Haruka vindt, dat op zoek is naar haar tante die dezelfde naam draagt als Kiryu’s vermiste liefde. Wat hierna volgt is een web van verraad, politiek uit de onderwereld en verlossing want niets houdt Kiryu tegen van het herwinnen van zijn eer.
